Graduado em Medicina pela Faculdade de Ciências Médicas, da UERJ (1973-1978), tornou-se especialista em Cirurgia Geral pelo Colégio Brasileiro de Cirurgiões. Com mestrado em Cirurgia Gastroenterológica pela Universidade Federal Fluminense (1992), fez doutorado em Técnica Cirúrgica e Cirurgia Experimental pela Universidade Federal de Minas Gerais (2001) e pós-doutorado na Medical University of South Carolina, em Charleston, nos Estados Unidos, atuando no Serviço de Transplante de Órgãos, com ênfase no transplante de pâncreas e de ilhotas pancreáticas (2002-2003).
Atualmente, Ruy Garcia Marques é professor adjunto e chefe do Departamento de Cirurgia Geral da Faculdade de Ciências Médicas, da UERJ, onde coordena a disciplina de Técnica Operatória e Cirurgia Experimental e é coordenador adjunto do programa de Pós-Graduação em Fisiopatologia e Ciências Cirúrgicas da universidade. É também membro titular do Conselho Superior de Ensino, Pesquisa e Extensão da UERJ, do Conselho de Seleção do Colégio Brasileiro de Cirurgiões, da Sociedade Brasileira para o Desenvolvimento da Pesquisa em Cirurgia, além de consultor e parecerista ad hoc da CAPES e da FAPERJ.
Integra ainda diversas entidades, como a Associação Americana de Cirurgiões de Transplante, o Conselho de Revisores da Revista do Colégio Brasileiro de Cirurgiões, o Comitê de Avaliação de Programas de Pós-Graduação - Medicina III - CAPES. Atua na área de Medicina, com ênfase em Cirurgia Geral, particularmente em Técnica Operatória e Cirurgia Experimental. Suas linhas de pesquisa são: Baço e Sepse; Nutrição Experimental em Cirurgia; Cicatrização e matriz extracelular; Diabetes mellitus e transplante de pâncreas e de ilhotas pancreáticas; Tumores no Sistema Digestório.
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